La grande œuvre de la Société des sciences a été la relance des fouilles d’Alesia, à partir de 1904, sous la présidence de Victor Flour de Saint-Genis. La Société poursuivit les fouilles chaque année, aménagea sur place le Musée Alésia en 1910 et publia une revue spécifique Pro Alesia.
La Société découvrit d'importants monuments de la ville antique sur le plateau, comme celui dédié à Ucuetis et travailla aussi sur les fortifications de César dans la plaine. En 1958, l’Université de Bourgogne prit le relais de la Société pour les fouilles, tandis que le Conseil général de la Côte d’Or reprenait le champ de fouilles lui-même et le Musée d’Alésia (2005).

Les collections réunies par Jean-Jacques Collenot avec ses émules (Bréon, Bochard son gendre) ont conduit à la fondation des salles de géologie et d'histoire naturelle du Musée municipal de Semur-en Auxois en 1866.

Victor-Bénigne Flour de Saint-Genis : président de 1898 à 1904. Il a relancé l'exploration du plateau d'Alise-Sainte-Reine à partir de 1904 et a installé la société à la Tour de l’Orle.

Jean-Jacques Collenot, président de 1860 à 1863, puis de 1884 à 1892, auteur de la Description géologique de l'Auxois, Verdot, 1873.

Henry Lachot, sociétaire, auteur de la Flore élémentaire... de Semur avec... les espèces... de la Côte-d'Or, 1884, parue en fascicules dans le Bulletin de la Société des sciences historiques et naturelles de Semur-en-Auxois.