Au cours des années 1880, l'intérêt pour les sciences naturelles grandit dans l'Autunois-Morvan. Mais à cette époque, la Société Éduenne, présidée par Gabriel Bulliot, occupe une place considérable dans le paysage culturel local.
Elle se consacre notamment aux campagnes de fouilles archéologiques portant en particulier sur le site du Mont Beuvray.

En 1885, un des animateurs de la vie autunoise, Victor Berthier, sollicite de Gabriel Bulliot la possibilité de créer une société indépendante, dédiée aux sciences naturelles.
L'origine de cet intérêt et les buts de la Société d'histoire naturelle d'Autun sont rappelés dans le plan d’études publié dans le premier bulletin de 1888. En 1897, l’association est reconnue d’utilité publique.
 

La Société se consacre aux domaines suivants : mycologie, botanique, mammalogie, herpétologie, minéralogie, paléontologie.

Il faut notamment noter les travaux du Dr Gillot sur les champignons de l’Autunois et de la Saône-et-Loire, les mammifères de Saône-et-Loire, le catalogue des minéraux du Morvan réalisé par le Vicomte de Chaignon, paru en 1912 et 1913, les travaux de Albert Gaudry sur les vertébrés fossiles de l’Autunois.
 

Les collections de la Société sont à l’origine de la création du Muséum d’histoire naturelle d’Autun.
En 1963, la Ville d’Autun à qui la Société a alors transféré ses collections, acquiert un hôtel particulier, destinée à leur conservation et à leur mise en valeur.

 




 

La Société publie depuis 1888 un bulletin largement diffusé jusqu'à la Première Guerre mondiale. Si pendant l’entre-deux-guerres, il parait de manière irrégulière, après la Seconde Guerre mondiale il reprend dès 1949 et définitivement relancé à partir de 1957.

Aujourd’hui, ce bulletin, destiné uniquement aux adhérents abonnés, paraît deux fois par an et contient des informations associatives ainsi que des articles scientifiques.
La revue semestrielle Bourgogne nature a vu le jour en 2005, elle est éditée en partenariat avec la Société des Sciences Naturelles de Bourgogne.
 

La société étudie actuellement plusieurs domaines : la mycologie, l'herpétologie, la minéralogie, la botanique, l'ornithologie, la paléontologie, la mammalogie, l'entomologie, l'écologie.
Elle co-anime avec le Parc naturel régional du Morvan, l'observatoire de la faune patrimoniale de Bourgogne (OFAPB) et gère un site Internet consacré à la faune et la flore de la région : Bourgogne nature.