- 1769, 1774
- 1782-1785
- 1830-1939

La Société a été fondée en 1725, autorisée par lettres patentes le 7 juin 1740 et reconstituée en l’an VI (juin 1798).
L’Académie est à l’origine une fondation privée, celle du doyen du Parlement Hector-Bernard Pouffier (ci-contre), qui légua son hôtel et une partie de ses revenus pour instaurer à Dijon une société savante comme il en existait dans d’autres villes du royaume depuis la deuxième moitié du XVII^e siècle et comme on en trouvait déjà une, mais informelle, autour du célèbre érudit et bibliophile que fut le Président Jean Bouhier (portrait ci-contre).

Les débuts furent laborieux. Il fallut attendre la réforme de 1759, et la fusion avec la Société littéraire fondée par Richard de Ruffey, pour donner une unité à la République des lettres dijonnaise dans le cadre académique.
 

Au XVIII^e siècle, la mission la plus importante de l’Académie fut l’organisation de cours publics destinés à pallier l’absence d’Université complète dans la capitale de la Bourgogne. Les trois matières principales furent la chimie, la botanique et la médecine, enseignées respectivement par Guyton de Morveau, Durande, Maret ; on voit par là que l’Académie des Lumières fut plus scientifique que littéraire, selon l’esprit de l’époque. Elle eut sa place dans l’Europe des savants pour ses propres travaux mais aussi pour ses traductions en différentes langues des contributions scientifiques qu’elle recevait.
Pour autant, les questions mises au concours, qui attiraient de nombreuses réponses venues de France ou de l’étranger, ne portaient pas toujours sur la physique ou sur la « matière médicale » ; il y avait aussi des « sujets de morale » et celui de 1750, sur le rétablissement des Lettres et des Arts, donna à la Compagnie son principal titre de gloire en la personne de son lauréat, un jeune auteur inconnu, citoyen de Genève, du nom de Rousseau.

Lazare Carnot remporta quant à lui, la médaille en 1784 pour son Éloge de Vauban.
Après la brève suppression révolutionnaire, l’Académie du XIX^e siècle, reconnue d'utilité publique en 1833, se reconstruisit sur des bases nettement plus littéraires. Les séances reçurent de nombreuses contributions poétiques, bien dans le goût romantique.
Dans la deuxième moitié du siècle, l’histoire s’imposa de plus en plus comme la discipline reine. Commença alors une longue Belle Époque, correspondant en gros à la Troisième République, au cours de laquelle l’Académie patronna des travaux de recherche qui font autorité aujourd’hui encore : l’énorme collection des Chartes de Bourgogne de l’archiviste Joseph Garnier, l’impressionnante série des Origines du duché de Bourgogne du chanoine Maurice Chaume, les Mélanges bernardins de 1927 et de 1953...
La visibilité dans la cité fut à l’avenant : les académiciens s’appliquèrent, par des « vœux » publics, par des souscriptions, par des engagements divers, à soutenir les œuvres qui leur paraissaient utiles au rayonnement de la Bourgogne (ainsi l’action de leur confrère Mgr Moissenet en faveur du chant choral).

La Commission des antiquités du département de la Côte-d’Or, d’abord créée en son sein puis séparée, fut réintégrée à l’Académie en 1922. L’Académie s’impliqua également pour la sauvegarde et la connaissance du patrimoine ethnologique de la Bourgogne. Après guerre, le relais fut pris par des organismes d’État de plus en plus nombreux et actifs (Centre national de la recherche scientifique - CNRS, Direction Régionale des Affaires Culturelles en Bourgogne, Inventaire…).

L’Académie publie, depuis 1769, des Mémoires. Ils sont, depuis plusieurs décennies, biennaux. Le dernier tome paru est le 144 (2011) est consacré au Côte-d'Orien Joseph Magnin, l'un des fondateurs de la IIIe République. Plusieurs rencontres, souvent présentées sous la forme d’ « après-midis », voire de colloques, ont donné lieu à des suppléments, ainsi en 2007 le colloque « Fondation et rayonnement de l’Ordre de la Toison d’Or », organisé à la demande des autorités de l’Ordre pour marquer le premier chapitre tenu à Dijon depuis le XV^e siècle.
La société a également publié les actes des colloques de l’Association bourguignonne des Sociétés savantes qu’elle a accueilli, comme par exemple celui 2005, année du tricentenaire de Bossuet, ou celui de 1927 consacré à saint Bernard.
2011 a vu la naissance d’une nouvelle publication périodique conçue et réalisée par l’Académie, les Célébrations de Bourgogne, également disponible sous la forme d’un site Internet. Les Célébrations ont vocation à faire connaître, année après année, ce qui peut enrichir la mémoire collective bourguignonne.

Citons pour le XVIII^e siècle :

Georges-Louis Leclerc, comte de Buffon, Montbard 1707-Paris 1788, Histoire naturelle, membre honoraire 1740.
Hugues Maret, médecin, Dijon 1726-Fresnes-saint-Mammès 1786, associé 1756, pensionnaire 1763, secrétaire perpétuel 1764-1786.
Charles de Brosses, Dijon 1709-1777, Premier Président au Parlement de Bourgogne, Lettres d’Italie, membre honoraire 1761.
Prosper Jolyot de Crébillon, Dijon 1674-Paris 1762, dramaturge, Rhadamiste et Zénobie, membre honoraire non résidant 1761.
Jean-Philippe Rameau, Dijon 1683- Paris 1764, musicien, Traité de l’harmonie, Les Indes galantes, membre non résidant 1761.
Alexis Piron, Dijon 1689-Paris 1773, poète dramatique, Métromanie, membre honoraire non résidant 1762.
Louis-Bernard Guyton-Morveau, Dijon 1737-Paris 1816, avocat général au Parlement de Bourgogne, dir. de l’Ecole polytechnique, Méthode de nomenclature chimiste, Description de l’aérostate [de] l’Académie de Dijon, membre honoraire 1780, vice chancelier puis chancelier.
Lazare Carnot, Nolay 1753-Magdeburg 1823, capitaine de génie, membre non résidant 1784.
Charles Gravier, comte de Vergennes, Dijon 1717-Versailles 1787, ambassadeur, ministre des Affaires étrangères, membre honoraire non résidant 1785.
Gaspard Monge, Beaune 1746-Paris 1818, géomètre, expédition d’Egypte, membre honoraire non résidant 1788.
Bénigne Legouz de Gerland : portrait à mettre avec le Jardin botanique

Pour le XIX^e siècle:

Gabriel Peignot, Arc-en-Barrois 1767-Dijon 1849, bibliographe, Dictionnaire raisonné de bibliologie, Répertoire bibliographique universel, membre résidant 1813.
Pierre-Paul Prud’hon, Cluny 1758-Paris 1823, peintre, membre non résidant 1818.
Désiré Nisard, Châtillon-sur-Seine 1806-San Remo (Italie)1888, historien de la littérature, professeur au Collège de France, Académie française 1850, membre non résidant 1839 puis honoraire non résidant 1867.
Henry Darcy, Dijon 1803-Paris 1858, ingénieur des ponts et chaussées, hydraulicien, loi Darcy, Les fontaines publiques de Dijon, membre résidant 1845.
Alphonse de Lamartine, Mâcon 1790-Paris 1869, poète, Méditations poétiques, Académie française 1829, ministre des Affaires étrangères 1848, membre honoraire 1846.
Jean-Baptiste Vaillant, Dijon 1790-1872, maréchal de France, membre honoraire 1853.
Henri Lacordaire, Recey-sur-Ource 1802-Sorrèze (Tarn) 1861, dominicain, prédicateur, Académie française 1860, membre honoraire 1859.
Henry Bazin, ingénieur des ponts et chaussées, hydraulicien, Nancy 1829- Dijon 1917, Recherches hydrauliques entreprises par M. H. Darcy, continuées par M. H. Bazin, membre résidant 1865.
Louis Cailletet, Châtillon-sur-Seine 1832-Paris 1913, maître de forges, air liquide, machine de Cailletet, Académie des sciences 1884, membre non résidant 1878, honoraire 1884
Félix Tisserand,Nuits-Saint-Georges 1845-Paris 1896, astronome, directeur de l’Observatoire de Toulouse puis de Paris, Bulletin astronomique, Traité de la mécanique céleste, Académie des sciences 1878, honoraire 1885.

Pour le XX^e siècle:

Charles Oursel, Saint-Philibert-sur-Risle (Eure) 1876-Dijon 1921, directeur de la Bibliothèque municipale de Dijon, Art de Bourgogne, l’un des créateurs de l’Association des bibliothécaires français, membre résidant 1901, président 1934 et 1945.
Edouard Estaunié, Dijon 1862-Paris 1942, polytechnicien, romancier, Un simple, Les Choses voient, Académie française 1923, membre non résidant 1917.
René Moissenet, Nuits-Saint-Georges 1850-Dijon, 1939, refondateur de la Maîtrise de la cathédrale, membre résidant 1920.
Maurice Chaume, Dijon 1888-Orgeux 1946, chanoine, professeur au Grand séminaire de Dijon, médiéviste, Les origines du duché de Bourgogne, membre résidant 1921.
Gaston Roupnel, Laissey (Doubs) 1871-Gevrey-Chambertin 1946, professeur à la Faculté des lettres de Dijon, Histoire de la campagne française, président du Syndicat des vignerons, romancier, Nono, membre résidant 1923.
Jules Legras, Passy (Yonne) 1865-Dijon, 1939, normalien, En Sibérie, doyen de la Faculté des lettres de Dijon, professeur à la Sorbonne, membre résidant 1925.
Pierre Quarré, Ivry-sur-Seine 1909-Dijon 1980, conservateur du Musée des Beaux-arts de Dijon, La sculpture en Bourgogne à la fin du Moyen âge, membre résidant 1942, président 1957.
Marcel Bouchard, 1898 Vosne-Romanée-1977 Dijon, normalien, recteur de l’Académie de Dijon, campus universitaire de Montmuzard, membre résidant 1946, président 1962.
Robert Folz, Metz 1910-Dijon 1996, doyen de la Faculté des lettres de Dijon, Le couronnement impérial de Charlemagne, Les saints rois, Les saintes reines du Moyen âge en Occident, membre résidant 1956.
Pierre Lacroute, Dijon 1906-Verrières 1993, astrophysicien, directeur de l’observatoire de Strasbourg, membre résidant 1977, président 1986.

À presque trois cents ans, l’Académie fait ce qu’elle fait depuis 1740 : elle travaille. Son doyen d’élection, Jean Richard, de l’Institut est membre résidant depuis plus de 65 ans, tandis que de nouveaux confrères sont appelés chaque année ou presque. Les quatre commissions dans lesquelles ils se répartissent disent bien l’étendue des domaines de recherche qu’ils explorent: sciences, arts et lettres, archéologie et patrimoine, sciences économiques et sociales. Sans doute la pérennité d’une forte coloration scientifique est-elle une originalité dijonnaise, beaucoup d’autres académies n’ayant jamais retrouvé cette caractéristique des Lumières. Mais la lecture du programme trimestriel des séances impose surtout l’idée de la variété et d’une curiosité dans tous les domaines. L'Académie appartient à la  Conférence nationale des Académies, sous l'égide de l'Institut de France.

- « Les résidences successives de l’Académie »,  Mémoires de l’Académie des sciences, arts et belles-lettres de Dijon, t. 117, 1963-1965, p. 23-29
- L’Académie de Dijon et le premier discours de Rousseau, Belles lettres, 1950. (Publications de l’université de Dijon, 6)