La Société est établie le 16 floréal an VIII (6 mai 1800) par Rougier de Labergerie, préfet de l’Yonne, pour le progrès des sciences et des arts dans le département.

Présidée par Rougier de Labergerie, elle est constituée d’une trentaine de membres.

La Société tient séance le 25 de chaque mois. Les procès-verbaux des séances et les travaux du Lycée paraissent dans le Journal de l’Yonne, bi-hebdomadaire lancé par Rougier de Labergerie le 5 nivôse an IX (26 décembre 1800).

Le Journal de l’Yonne disparaît en 1802, il est remplacé par le Bulletin administratif de la Préfecture de l’Yonne, mais qui publie uniquement les comptes-rendus des séances.

Les travaux du Lycée portent sur l’agriculture (études sur les bêtes à laine, sur le déboisement, sur le pommier melon, constitution de comices agricoles), les arts et métiers, les sciences exactes, l’histoire naturelle, l’éloquence, la poésie et les beaux-arts.

Le Lycée de l’Yonne est très actif. Outre la tenue de séances régulières et la rédaction des études publiées dans les Mémoires et le Journal de l’Yonne, il délègue ses membres aux distributions de prix des grandes écoles du département et organise des expositions de peintures et de sculptures.
Le 25 floréal an X (mai 1802), la Société change de nom et devient le Musée de l’Yonne, afin de ne pas être confondu avec les lycées institués quelques mois plus tôt. En 1803, la Société institue un concours dont le sujet est l’éloge de M. de Noé, évêque de Troyes.
Le Musée de l’Yonne disparaît probablement après le Sénatus-Consulte du 28 floréal an XII (18 mai 1804), instituant le Premier Empire.