La Société a été fondée en 1859. Elle est l’une des premières sociétés savantes icaunaises et la doyenne des associations avallonaises.
Sa création s’explique par la position géographique d’Avallon, pays peu accessible et isolé au sud du département de l’Yonne, au milieu du XIX^e siècle, mais aussi par la richesse de ses archives, de ses monuments et de ses coutumes. Ainsi un petit groupe d’érudits décida de faire découvrir ce pays par des recherches archéologiques et historiques.
 

La Société est à l’origine de la création du musée d’Avallon, réunissant les dons qui lui étaient faits ou les découvertes de ses archéologues. La Société a permis le sauvetage d’un ancien prieuré grandmontain datant du XIII^e siècle, Saint-Jean-les-Bonshommes, sur la commune de Sauvigny-le-Bois, proche d’Avallon, en en faisant l’acquisition en 1905 et en le faisant classer aux Monument historiques.

Après sa restauration, elle le transforma en musée lapidaire, avant d’en déposer le contenu au musée d’Avallon, clause de sa dénomination en société d’utilité publique, en 1969. En 1907, la Société accueillit le Congrès archéologique de France, qui s’enthousiasma pour son œuvre de sauvegarde de Saint-Jean-les-Bonshommes, et permit une importante publication. Dans les vingt dernières années du XX^e siècle ; la Société se consacra à la sauvegarde de Saint-Jean-les-Bonshommes avec la volonté de rouvrir ce monument au public et d’y organiser des concerts. Un legs permit de rénover la chapelle et d’y installer l’électricité.

La Société a participé à l’organisation de congrès : le congrès Vauban en 1933, le congrès du centenaire de la Société en 1959, et un colloque sur le thème « Villes et campagnes : urbanisme, économie, commerce pour son cent-cinquantenaire » en 2009.
 

La Société d’études a régulièrement tenu des séances bimestrielles et les communications présentées ont été rassemblées dans des bulletins aux périodicités irrégulières.
Quand ils devinrent triennaux et que leur contenu devint plus sélectif, leurs publications furent complétées par des bulletins bimestriels reflétant la vie de la Société. Le dernier bulletin annuel paru (89^e volume) concerne l’année 2009.

Des monographies :

- Abbé Parat, Les grottes de la Cure, 1901
- Vie et œuvre de l’abbé Alexandre Parat, 1932
- Congrès Vauban : Mémoires. X^e congrès de l'Association bourguignonne des sociétés savantes tenu à Avallon les 20-21-22 juillet 1953, 1935
- Eugène Vignon, Chanoine Alexandre Pissier, sa vie, son œuvre, 1935
- Jehan Testis, L’abbé Eugène Vignon, 1937
- Claude de Bauvoir, sire de Chastellux, maréchal de France (1385-1455), 1948
- Georges Lélu, Vercingétorix et la résistance gauloise, 1948
- XXX^e congrès de l'Association bourguignonne des sociétés savantes, Avallon, 12, 13, 14 juin 1959. Centenaire de la Société d'études d'Avallon, 1960
- Jean Campagnac, Succincte histoire du prieuré grandmontain de Saint-Jean-les-Bonshommes en Bourgogne, 1992, réédition 2001

Des ecclésiastiques érudits, ocmme l'abbé Michel Gally (1816-1904), premier président de la Société ; le chanoine Giraud, sauveur et restaurateur de l'ancien prieuré de Saint-Jean-les-Bonshommes avec le sculpteur de Sauvigny-le-Bois, Loiseau-Bailly ; l'abbé Parat (1843-1931) ; l'abbé Marcel Terre, auteur de recherches sur l'Ordre de Grandmont et les abbés Tissier et Pissier.

 

La Société d’études poursuit son œuvre de recherches, de publications et de sauvegarde. Elle donne régulièrement des séances publiques bimestrielles, le dimanche après-midi, à l’hôtel Gouvenain, siège des associations avallonnaises. Les communications faites à ces séances sont publiées dans le bulletin annuel.

La Société consacre la saison estivale à des animations (concerts) à l’ancien prieuré Saint-Jean-les-Bonshommes, ce qui permet son entretien. Il reste des travaux importants à envisager pour sauver la partie XIII^e siècle.
La Société a contribué à célébrer de la mémoire d’un grand penseur avallonnais du XX^e siècle, Henri Petit,  en faisant apposer sur sa maison familiale, avec l’aide de la Ville d’Avallon, une plaque commémorative.